汇业海事律师指出，航空货物运输合同是指承运人将货物从起运地点运输到约定地点，托运人或收货人支付运输费用的合同。而航空货运代理合同是指委托人和受托人约定，由受托人为委托人处理货物运输及相关业务的合同。货物运输及相关业务包括订舱、仓储、报关、报验、结算交付杂费等货运代理人从事的具体业务。汇业海事律师分析，货物运输合同与货运代理合同可从以下几个方面进行区分。
1. 合同替换不同
合同替换包括权利、义务两个方面。因为权利、义务具有相对性，在这里以承运人和货运代理人的权利和义务作为比较对象。在合同义务方面，运输合同中承运人义务的特征为组织整程运输，对整程运输负责。在货运代理合同法律关系中，货运代理人主要义务特征为将货主的货物安排至承运人的运输器上出运，此种安排可能是整个运输过程，也可能仅是运输的某段路程。在合同权利方面，承运人的权利为收取运输费用，这是其履行运输义务的对价。货运代理人收取的费用虽然有时也以运费的名义收取，但其实质是提供货运代理服务的报酬，这种报酬或者通过代收代付运费另加一定报酬的方式，或者通过赚取向委托人收取的费用与其支付给承运人等有关方的费用之间的差价。 
2. 履行义务的时空性不同
货运代理合同的履行本质上是为航空货物运输合同提供服务。因此，货运代理合同对货物运输合同具有依附性。如果将货运代理合同与货物运输合同在时间和空间上予以区分的话，可以看出，在时间概念上，货运代理人的义务大体先于或后于承运人义务。先由货运代理人办理订舱、报关、打板交接等业务，将货物安排至承运人的运输器，才由承运人进行运输，最后可能由货运代理人再完成收货义务，办理进口报关等手续。在空间概念上，货运代理人的义务往往是在同一地（起运地或目的地）完成，承运人的义务则具有跨境性和空间的连续性，这也是由运输合同在本质上是货物的空间移动的特征决定的。
3. 调整的法律不同
调整航空货物运输合同的法律规范较为复杂，除主要由《中华人民共和国民用航空法》调整外，国际航空货物运输合同还受华沙公约体系、1999年《蒙特利尔公约》的调整。承运人根据《蒙特利尔公约》的规定可享受赔偿责任的限额，而托运人提出索赔需在特定期间内提出等。货运代理合同属于合同法上的无名合同，在性质上最接近于委托合同，因此在法律适用上多是参照委托合同的相关规定。

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