1、关于运费的负担

托运人因海上货物运输需要承担的主要付款义务就是支付运费，托运人作为合同相对方，应当向承运人提供的运输服务支付对价。《海商法》也同时规定，托运人和承运人可以约定运费由收货人支付，实践中通常表现为在提单中载明“运费到付”。在运费到付情况下，约定的付款方非合同当事人，承运人以支付运费等作为交付货物的条件，否则可对货物行使留置权。但收货人很可能因货物质量或者市场变动等因素而放弃提货，承运人要求收货人支付运费的主张往往会落空。为维护承运人的合同权益，司法实践将运费到付的约定视为“约定第三人履行义务的合同”，根据《合同法》第六十五条，当事人约定由第三人向债权人履行债务的，第三人不履行债务或者履行债务不符合约定，债务人应当向债权人承担违约责任。
2、关于目的港码头费用的负担

目的港码头费用属于一个正常航次中产生的合理费用，这些费用很多是属于行政管理性质，是各国港口管理当局强制收取，存在很大的差异性和不确定性，在签订海上货物运输合同时当事人很少对该笔费用的负担进行约定，《海商法》也未苛加托运人支付该费用的义务。从权利义务一致原则看，收货人作为货物进口的受益人，应当承担相关码头费用；从政府管理部门征收对象看，是针对进口货物的本国国民的相关行为进行管理而产生的费用，而且实际上他也不可能对外国托运人进行管辖，不具备收取费用的现实条件。我国《海商法》并没有直接予以规定目的港费用问题，仅规定“收货人、提单持有人不承担装货港发生的滞期费、亏舱费和其他与装货有关的费用”，码头费用可以理解成“与卸货相关的费用”，从条文来看，收货人是可以依法作为该项费用的承担方的。《海商法》给予了承运人另一种救济途径，就是行使货物留置权，并拍卖货物，若拍卖价款不足以支付相关费用的，可以向托运人追偿。在正常的货物运输过程中，承运人在无法从收货人收取费用后，可通过拍卖货物获得补偿，不足部分还可向托运人追偿。

3、集装箱超期使用费等的负担

集装箱超期使用费是非正常货物运输过程中产生的费用，主要因收货人怠于履行提货义务引起。提货作为收货人的一项权利，同时也是其义务，收货人有责任及时提取货物，并返还承运人的集装箱。一般而言，托运人在提单流转之后对目的港收货人超期使用费用无法控制，对费用产生也不存在过错，因而无需对集装箱超期使用费承担赔偿责任。但如果目的港无人提货，而托运人仍然有效控制提单，目的港无人提货的责任系托运人过错造成。我国《合同法》也已明确规定，在承运人将货物交付收货人之前，托运人可以要求承运人中止运输、返还货物、变更到达地或者将货物交给其他收货人，但应当赔偿承运人因此受到的损失